Kaišiadorių jaunimo mokykla įsteigta 1994 m. sausio 27 d. Kaišiadorių rajono tarybos 1994 m. sausio 27 d. sprendimu Nr. 31. Lietuvoje jaunimo mokyklos pradėtos kurti kaip atsakas į didelį mokinių, iškrentančių iš nuosekliojo švietimo sistemos, skaičių. Šių mokyklų tikslas – padėti vaikams ir jaunuoliams grįžti į nuosekliojo mokymo sistemą, grąžinti mokymosi motyvaciją, sudaryti sąlygas pažinti save, mokyti(s) spręsti gyvenime iškylančias problemas, ugdyti(s) atsparumą neigiamai socialinei įtakai. Kada prie Kaišiadorių specialiosios internatinės mokyklos buvo įsteigtos jaunimo klasės, rajono mokiniams buvo suteikta galimybė mokytis, keistis ir tobulėti. Atskira ir savarankiška švietimo įstaiga Jaunimo mokykla tapo 1995 m. rugsėjo 1 d. Mokyklai tuomet vadovavo Kaišiadorių specialiosios internatinės mokyklos direktorė Reda Pažėrienė. Pirmaisiais metais 6–9 klasėse mokyklą lankė 41 mokinys. Vienus mokslo metus (1996–1997) mokyklai vadovavo Rimvydas Zailskas.

1997 m. mokyklai vadovauti pradėjo  Natalija Raudeliūnienė. Jai vadovaujant mokykla stiprėjo, keitėsi, daugėjo mokinių, skirtas didelis dėmesys mokytojų kvalifikacijai ir praktinei veiklai tobulinti keičiantis gerąja patirtimi, naujausia metodine bei dalykine informacija,  imta bendradarbiauti su kitomis jaunimo ir bendrojo ugdymo mokyklomis. Mokykla tapo labai reikšminga rajono švietimo sistemos dalimi. Jaunimo mokykloje ryškėjo tendencija toliau siekti mokslo, daugėjo mokinių, norinčių siekti vidurinio išsilavinimo. Devynerių metų mokyklos veiklos patirtis subrandino mintį plėsti teikiamas švietimo paslaugas. Pradėtas vykdyti suaugusiųjų švietimas. Kaišiadorių rajono savivaldybės tarybos 2003 m. kovo 27 d. sprendimu Nr. 706 nuo 2003 m. rugsėjo 1 d. Kaišiadorių jaunimo mokykla reorganizuota į Kaišiadorių jaunimo ir suaugusiųjų mokyklą. Nuo 2004 m. įsteigtos išlyginamosios klasės, skirtos mokymosi spragoms šalinti ir sėkmingai tęsti mokslą nuosekliojo mokymosi sistemoje. Mokykloje buvo 8 klasių komplektai: 5 jaunimo klasės, 3 vakarinės suaugusiųjų klasės, mokėsi 136 mokiniai (60 jaunimo klasėse, 76 – suaugusiųjų vakarinėse klasėse). Be to, mokykla pradėjo teikti paslaugas kitataučiams, jiems suteikta galimybė laikyti valstybinės lietuvių kalbos ir Lietuvos Respublikos Konstitucijos pagrindų egzaminus. Kaišiadorių rajono savivaldybės administracijos direktoriaus 2004 m. gegužės 13 d. įsakymu Nr. 278 mokykla patvirtinta bazine mokykla, kurioje iki šiol dirba Kaišiadorių rajono  valstybinės kalbos mokėjimo kvalifikavimo komisija.

Nuo 2008 m. mokyklai vadovauja Jurgita Nauckūnienė. Nors mokykla nuo įsikūrimo pradžios glaudžiasi  Kaišiadorių šventosios Faustinos mokyklos (buvusios Kaišiadorių specialiosios mokyklos) patalpose, tačiau nuolat gerėjo mokyklos materialinė bazė, įrengti visų mokomųjų dalykų kabinetai. Kartu su mokiniais augo ir pati mokykla. Čia kokybiškai teiktos įvairios specialistų (psichologo, specialiojo pedagogo, socialinio pedagogo) paslaugos. Per tą laiką keitėsi švietimo įstatymas, mokymo programos, mokymosi poreikiai, mokiniai, mokytojai, jų kvalifikacija ir darbo sąlygos. Mokykla sugebėjo sukaupti didžiulę darbo su suaugusiais žmonėmis patirtį. Suaugusiųjų  švietimas mokykloje tapo prioritetine sritimi. 2012 m. keitėsi mokyklos nuostatai, keitėsi ir jos pavadinimas, mokykla tapo Kaišiadorių suaugusiųjų ir jaunimo mokykla. Tų pačių metų rugsėjo 1 d. mokyklai perduotas Kaišiadorių rajono Pravieniškių pataisos namuose organizuojamo nuteistųjų, atliekančių laisvės atėmimo bausmes, bendrojo ugdymo organizavimas.  Nuo tada prijungtas Pravieniškių skyrius, pradėta mokyti nuteistuosius. Nuo 2014 m. rugsėjo 1 d. mokykla turi atskirus skyrius: Pravieniškių I sektoriaus skyrių, Pravieniškių II sektoriaus skyrių, Pravieniškių III sektoriaus skyrių ir Laisvės atėmimo vietų ligoninės skyrių.

Nuo 2013 m. rugsėjo 1 d. rajono švietimo galimybės išsiplėtė Kaišiadorių suaugusiųjų ir jaunimo mokyklai pradėjus taikyti nuotolinio mokymo būdą. Suaugusiųjų pagrindinio ir vidurinio ugdymo programų įgyvendinimas nuotoliniu būdu suteikė didesnę galimybę į švietimo sistemą grąžinti anksti palikusius mokyklą mokinius, jiems tapo lengviau suderinti mokymąsi su darbu, šeiminiais įsipareigojimais. Pagrindinis ir vidurinis išsilavinimas rajono gyventojams pasidarė patrauklesnis, prieinamesnis. Lietuvos Respublikos švietimo ir mokslo ministro 2014 m. gegužės 6 d. įsakymu  akredituota Kaišiadorių suaugusiųjų ir jaunimo mokyklos  vykdoma suaugusiųjų vidurinio ugdymo programa. Mokykloje užtikrinamas tęstinis mokymas(is), mokiniams padedama įgyti trūkstamų žinių arba jas atnaujinti. Mokykla yra vienintelė įstaiga rajone, kurioje mokosi ne tik jauni, bet ir vyresnio amžiaus žmonės.

Nuo 2018 m. mokykla yra akredituotas anglų kalbos mokėjimo lygio nustatymo centras, turintis teisę tikrinti pretendentų į valstybės tarnautojų pareigas anglų kalbos mokėjimą.

Mokykloje kasmet mažėjo mokinių jaunimo klasėse. Įgyvendinant Kaišiadorių rajono savivaldybės bendrojo ugdymo mokyklų tinklo pertvarkos bendrąjį planą nuo 2019 m. rugsėjo 1 d. mokykloje nebuvo formuojamos 7–9 jaunimo klasės, o nuo 2020 m. rugsėjo 1 d. Kaišiadorių suaugusiųjų ir jaunimo mokykloje nutrauktas mokymas jaunimo klasėse. Mokykloje sumažėjo patalpų, nebeliko pagalbos mokiniui specialistų. Kaišiadorių rajono savivaldybės taryba 2020 m. rugpjūčio 27 d. sprendimu Nr.V17E-4 patvirtintino mokyklos nuostatus, mokykla tapo Kaišiadorių suaugusiųjų mokykla, kurios pagrindinė paskirtis – gimnazijos tipo suaugusiųjų gimnazija. Nuo tada mokykla vykdo suaugusiųjų pradinio ugdymo programą, suaugusiųjų pagrindinio ugdymo programą, akredituotą suaugusiųjų vidurinio ugdymo programą ir suaugusiųjų neformaliojo švietimo programas. Mokykloje yra 20 klasių komplektų: 4 suaugusiųjų nuotolinio mokymo klasės, 20 klasių Pravieniškių skyriuje.

Mokyklos veikla grindžiama šiuolaikiniais ugdymo principais. Joje vyksta daug renginių, organizuojamos įvairios šventės, sporto varžybos, edukacinės išvykos, plėtojamas neformalus švietimas. Kasmet mokykla įsitraukia į šalyje vykstančius suaugusiųjų švietimo savaitės renginius, organizuojamos paskaitos, diskusijos, susitikimai su įdomiais žmonėmis, vedamos atviros pamokos, rengiamos parodos. Mokykla dalyvauja įvairiuose projektuose, kuriuose ugdomi mokiniai bei tobulinamos mokytojų kompetencijos. Kaišiadorių suaugusiųjų mokykla – tai vienintelė rajone mokykla, kurioje mokytojai andragogai  suteikia galimybę visiems suaugusiesiems siekti asmeninio tobulėjimo,  įgyti naujų žinių, lavinti ir atnaujinti savo  įgūdžius bei gebėjimus,   sėkmingai socializuotis  ir adaptuotuotis   darbo rinkoje.